但盧武鉉從政歷程卻一波三折。他總共參加過六次選舉，四屆國會議員選舉和一次補選，再加上釜山市長選舉，但只當選過兩次。其間，盧武鉉經歷了一次極為重要的政治選擇，決定了他一生的走向。

1990年，時任民正黨總裁的盧泰愚和統一###黨金泳三、金鐘泌總裁通過三黨合并創立了民自黨，與金大中領導的平民黨爭奪總統寶座。盧武鉉堅守自己的政治信仰，拒絕追隨金詠三加盟民自黨，反而與一部分原###黨人馬并入金大中旗下。這一選擇付出了高昂的代價，盧武鉉在此后的釜山選區內連連失利。但所謂“禍兮，福所倚也”，從此，他也與金大中結下不解之緣，直至最終問鼎。

盧武鉉在金大中入主青瓦臺后的第一件事，便是去書店買了金大中的全套著作，精心研讀，希望借他山之石以攻玉。此后盧武鉉全力追隨金大中，而金大中對他也另眼相看，提攜有加。2000年8月，盧武鉉被金大中任命為海洋水產部長官。

2002年12月，韓國進入新世紀以來的首次總統選舉——第16屆總統大選。競爭一開始就進入白熱化狀態，并呈現出“三足鼎立，兩強相爭”的格局。盧武鉉聯合鄭夢準，經過激烈角逐，戰勝了大國家黨候選人李會昌，成功當選為韓國第16屆總統。

盧武鉉從上臺開始，就一路跌跌撞撞，從未享受蜜月期。在他就職典禮前幾個小時朝鮮試射導彈，他就職典禮時首先播放的是哀樂。他的改革計劃多數遭在國會占絕對優勢的反對黨推翻，過去支持他的工會也經常發動大規模###。就連他的親戚和親信也給他惹來不少麻煩。由于執政黨的內部分裂，他不得不退出執政黨，成了無黨無派完全靠民眾支持的平民總統。由于助手涉嫌受賄和收受非法政治資金等問題，盧武鉉成了韓國歷史上首位遭到彈劾的總統。

但始料未及的是，彈劾總統造成反效果，自彈劾議案通過之后，彈劾他的黨派在民眾中的支持率驟降，而支持盧武鉉的開放國民黨人氣卻驟升。隨后在韓國第17屆國會選舉中，支持盧武鉉的開放國民黨取代最大在野黨一躍而成為國會第一大黨，改寫了韓國16年來“朝小野大”的政壇格局。民眾的支持和開放國民黨在國會選舉中的勝利，為盧武鉉復出奠定了基礎，2004年5月14日，韓國憲法法院宣判駁回了這項震動韓國朝野的總統彈劾案，結束了韓國政壇兩個多月來的混亂局面，使盧武鉉得以恢復總統權力。

盧武鉉認同“韓美是同盟、韓朝是同胞”的政治理念，支持金大中的“陽光政策”，努力尋求修補與朝鮮的關系，主張以和平方式，通過對話解決朝鮮核問題，繼續推進與朝鮮的和解合作政策，加強交流與合作，并向朝鮮提供經濟援助，避免半島發生危機。但朝鮮核危機卻讓他的“和平繁榮”政策廣受質疑，整個任期都在朝鮮核武危機步步升高威脅下，在野黨和許多民眾紛紛指責他對朝鮮過于軟弱和友好，造成他的支持率步步下滑。

不過盧武鉉并不是孬種，他堅持不向美國磕頭，不到美國去“照相”，在對朝政策上處處和美國唱反調，反對美國對朝制裁和動武，毫不猶豫地撤掉親美外長，堅持修改《駐韓美軍地位協定》、要求美軍撤出首爾、撤離韓國，強令“駐韓美軍不得卷入東北亞爭端”。他還堅持要求從美軍手中收回戰時指揮權，打造自主國防，拋棄以往奉行的“冷戰陣營外交”，改變與美國和日本結盟聯手遏制朝鮮、中國的局面，做東北亞的“均衡者”。

在對日關系上盧武鉉尤其顯得強悍，他強烈反對日本政府拒不承認戰爭罪行、肆意修改歷史教科書歪曲侵略歷史、染指獨島、參拜靖國神社等行徑，甚至發起“親日”行為大調查。他認為“與把侵略和加害別國的歷史視為光榮的國家共存，是全世界人民的巨大不幸。”在日本準備測量東海專屬經濟區航道時，他宣布韓國全面動員國家力量和外交資源，強烈、堅決地應對日本在獨島主權和歷史問題上的挑釁行為，甚至還派出幾十艘警備艇和軍用飛機準備強行攔截日本測量船。