但盧武鉉從政歷程卻一波三折。他總共參加過六次選舉，四屆國會(huì)議員選舉和一次補(bǔ)選，再加上釜山市長選舉，但只當(dāng)選過兩次。其間，盧武鉉經(jīng)歷了一次極為重要的政治選擇，決定了他一生的走向。
1990年，時(shí)任民正黨總裁的盧泰愚和統(tǒng)一###黨金泳三、金鐘泌總裁通過三黨合并創(chuàng)立了民自黨，與金大中領(lǐng)導(dǎo)的平民黨爭(zhēng)奪總統(tǒng)寶座。盧武鉉堅(jiān)守自己的政治信仰，拒絕追隨金詠三加盟民自黨，反而與一部分原###黨人馬并入金大中旗下。這一選擇付出了高昂的代價(jià)，盧武鉉在此后的釜山選區(qū)內(nèi)連連失利。但所謂“禍兮，福所倚也”，從此，他也與金大中結(jié)下不解之緣，直至最終問鼎。
盧武鉉在金大中入主青瓦臺(tái)后的第一件事，便是去書店買了金大中的全套著作，精心研讀，希望借他山之石以攻玉。此后盧武鉉全力追隨金大中，而金大中對(duì)他也另眼相看，提攜有加。2000年8月，盧武鉉被金大中任命為海洋水產(chǎn)部長官。
2002年12月，韓國進(jìn)入新世紀(jì)以來的首次總統(tǒng)選舉——第16屆總統(tǒng)大選。競(jìng)爭(zhēng)一開始就進(jìn)入白熱化狀態(tài)，并呈現(xiàn)出“三足鼎立，兩強(qiáng)相爭(zhēng)”的格局。盧武鉉聯(lián)合鄭夢(mèng)準(zhǔn)，經(jīng)過激烈角逐，戰(zhàn)勝了大國家黨候選人李會(huì)昌，成功當(dāng)選為韓國第16屆總統(tǒng)。
盧武鉉從上臺(tái)開始，就一路跌跌撞撞，從未享受蜜月期。在他就職典禮前幾個(gè)小時(shí)朝鮮試射導(dǎo)彈，他就職典禮時(shí)首先播放的是哀樂。他的改革計(jì)劃多數(shù)遭在國會(huì)占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)的反對(duì)黨推翻，過去支持他的工會(huì)也經(jīng)常發(fā)動(dòng)大規(guī)模###。就連他的親戚和親信也給他惹來不少麻煩。由于執(zhí)政黨的內(nèi)部分裂，他不得不退出執(zhí)政黨，成了無黨無派完全靠民眾支持的平民總統(tǒng)。由于助手涉嫌受賄和收受非法政治資金等問題，盧武鉉成了韓國歷史上首位遭到彈劾的總統(tǒng)。
但始料未及的是，彈劾總統(tǒng)造成反效果，自彈劾議案通過之后，彈劾他的黨派在民眾中的支持率驟降，而支持盧武鉉的開放國民黨人氣卻驟升。隨后在韓國第17屆國會(huì)選舉中，支持盧武鉉的開放國民黨取代最大在野黨一躍而成為國會(huì)第一大黨，改寫了韓國16年來“朝小野大”的政壇格局。民眾的支持和開放國民黨在國會(huì)選舉中的勝利，為盧武鉉復(fù)出奠定了基礎(chǔ)，2004年5月14日，韓國憲法法院宣判駁回了這項(xiàng)震動(dòng)韓國朝野的總統(tǒng)彈劾案，結(jié)束了韓國政壇兩個(gè)多月來的混亂局面，使盧武鉉得以恢復(fù)總統(tǒng)權(quán)力。
盧武鉉認(rèn)同“韓美是同盟、韓朝是同胞”的政治理念，支持金大中的“陽光政策”，努力尋求修補(bǔ)與朝鮮的關(guān)系，主張以和平方式，通過對(duì)話解決朝鮮核問題，繼續(xù)推進(jìn)與朝鮮的和解合作政策，加強(qiáng)交流與合作，并向朝鮮提供經(jīng)濟(jì)援助，避免半島發(fā)生危機(jī)。但朝鮮核危機(jī)卻讓他的“和平繁榮”政策廣受質(zhì)疑，整個(gè)任期都在朝鮮核武危機(jī)步步升高威脅下，在野黨和許多民眾紛紛指責(zé)他對(duì)朝鮮過于軟弱和友好，造成他的支持率步步下滑。
不過盧武鉉并不是孬種，他堅(jiān)持不向美國磕頭，不到美國去“照相”，在對(duì)朝政策上處處和美國唱反調(diào)，反對(duì)美國對(duì)朝制裁和動(dòng)武，毫不猶豫地撤掉親美外長，堅(jiān)持修改《駐韓美軍地位協(xié)定》、要求美軍撤出首爾、撤離韓國，強(qiáng)令“駐韓美軍不得卷入東北亞爭(zhēng)端”。他還堅(jiān)持要求從美軍手中收回戰(zhàn)時(shí)指揮權(quán)，打造自主國防，拋棄以往奉行的“冷戰(zhàn)陣營外交”，改變與美國和日本結(jié)盟聯(lián)手遏制朝鮮、中國的局面，做東北亞的“均衡者”。
在對(duì)日關(guān)系上盧武鉉尤其顯得強(qiáng)悍，他強(qiáng)烈反對(duì)日本政府拒不承認(rèn)戰(zhàn)爭(zhēng)罪行、肆意修改歷史教科書歪曲侵略歷史、染指獨(dú)島、參拜靖國神社等行徑，甚至發(fā)起“親日”行為大調(diào)查。他認(rèn)為“與把侵略和加害別國的歷史視為光榮的國家共存，是全世界人民的巨大不幸。”在日本準(zhǔn)備測(cè)量東海專屬經(jīng)濟(jì)區(qū)航道時(shí)，他宣布韓國全面動(dòng)員國家力量和外交資源，強(qiáng)烈、堅(jiān)決地應(yīng)對(duì)日本在獨(dú)島主權(quán)和歷史問題上的挑釁行為，甚至還派出幾十艘警備艇和軍用飛機(jī)準(zhǔn)備強(qiáng)行攔截日本測(cè)量船。